Formation qualifiante : PCR quantitative en temps réel - Université Paris Diderot

Présentation

Objectifs

Comprendre la théorie de la PCR quantitative en temps réel afin de pouvoir l’appliquer à une étude transcriptomique : calcul du niveau d’expression d’un gène (ARNm) par différentes façons. Normalisation des résultats par le(s) « bon(s) » gène(s) non régulé(s) par l’expérience, comment le(s) choisir de façon mathématique (geNorm) . Le but de cette formation est de donner toutes les clefs pour réaliser cette étude : depuis l’extraction des ARN (théorie et pratique), la Transcription Inverse (théorie), jusqu’à l’exploitation critique des résultats par différentes approches (quantification absolue versus quantification relative), en passant par la recherche de séquence nucléotidique des gènes et le design des amorces spécifiques . Les différentes chimies de détection seront abordées à savoir les fluorophores (SYBR Green I), les sondes d’hydrolyse (Taqman, 3’MGB, UPL) et les sondes d’hybridation (Beacon, Scorpio, FRET).

Savoir-faire et compétences

Connaissance des bases théoriques et pratiques de la RT PCRq, choix des amorces, application transcriptomique : étude de l’expression des gènes, de la conception expérimentale à l’analyse critique des résultats

Rythme de la formation Cours en semaine (journée)

Fiche descriptive de la formation

Régime d'étude

Formation continue non diplômante

Stage (28 heures (4 jours))

Début de la formation16 septembre 2019

A télécharger

Plaquette à télécharger (143 Ko)

Organisation

Organisation de la formation

PARTIE THÉORIQUE (10H)

- PCR en temps réel quantitative : principes et applications

- Exemples d’applications : quantification d’ARNm

- Normalisation du niveau des transcripts par un gène de référence : méthode mathématique pour choisir le « bon » gène de référence, choix crucial pour les résultats

- Quantification relative et quantification absolue

- Choix et calcul des amorces oligonucléotidiques

- Les différents types de chimie : SYBR Green I, Taqman, FRET, 3’MGB, Scorpio, Beacon, UPL…

- Principes de l’extraction des ARN (principe de base de Chomczynski et Sacci et principe des colonnes), étude de l’intégrité,

qualité et quantité des ARN. Théorie de la transcription inverse

PARTIE PRATIQUE (18H)

- PCR en temps réel quantitative : quantification du niveau d’expression de gènes

- Choix et design des amorces oligonucléotidiques : manuellement, à l’aide d’un logiciel et in silico

- Recherche de séquences nucléotidiques in silico

- Extraction d’ARN par un kit. Quantification, vérification de la qualité et de l’intégrité des ARN

Des modifications mineures peuvent être apportées sous la responsabilité de l’encadrement pédagogique

Du 16 au 19 septembre 2019
28h - 4 jours

1650 € (TVA 0 %)

Contrôle des connaissances

MOYENS PERMETTANT DE SUIVRE
L’EXÉCUTION DE L’ACTION ET D’EN APPRÉCIER LES RÉSULTATS:
Liste d’émargement et questionnaire de satisfaction

MODALITÉS D’ÉVALUATION
Attestation de formation délivrée par l’université

Aménagements particuliers

MOYENS PEDAGOGIQUES ET TECHNIQUES D’ENCADREMENT
Alternance de cours théoriques suivi de l’application pratique. Le déroulement de la formation est adaptée au profil des participant.e.s.
Poly format papier . Résultats et poly format PDF sur clef USB.
Kit Rneasy mini QIAGEN (extraction d’ARN), Gel Electrophorèse et/ou BioAnalyzer2100 AGILENT (analyse des ARN, integrité), LightCycler 480 et/ou 1.5 Capillaire (PCRq), site NCBI (recherche de sequence), Oligo 6.0 (design de primer), Blast (recherche d’holomogie)

Admission

Sont autorisés à s'inscrire

Technicien.ne.s, ingénieur.e.s et chercheur.e.s des entreprises et des collectivités dans le domaine des sciences du vivant.
Conditions d’ouverture : 6 inscriptions minimum et 12 maximum

Pré-requis

Connaissance des principes de la PCR classique

Droits de scolarité

1650 €

Contact(s)

Composante(s)

UFR Sciences du Vivant

Lieu(x) de la formation

Université Paris Diderot

Responsable(s)

Contact(s) administratif(s)

Reine Rigault
Gestionnaire de scolarité L1/L2
UFR Sciences du Vivant Bâtiment Buffon 4, rue M-A Lagroua Weill-Hallé75013 ParisTél : 0157275923
Email : reine.rigault @ univ-paris-diderot.fr